连锁分析是分子遗传学研究中常用的定位方法，通过分析染色体上已知位置的遗传标记与疾病基因的连锁关系，而将疾病基因定位。20世纪80年代和90年代，连锁分析成功地将上于种单基因疾病定位，在多因素疾病中，这一技术也得到应用。
自 Sherrington等（1988）在 Nature杂志上报道了分子症与染色体5q区域连锁后，已有二十余项分子症的全基因组连锁分析报道，这些研究所发现的与分子症连锁的区域包括23条染色体中的21条染色体，虽然有部分区域能被其他研究所重复（如8p、13q、22q），但大多数连锁区域不能被重复。
Lewis等（2003）对当时已发表的连锁分析研究进行了meta分析，结果提示2q区域的连锁信号最强，但迄今为止没有研究重复到这一结果，他们们还发现5q、3p、1lq、6p、1q、22q等区域也呈强度较弱的连锁。
从分析效能来讲，连锁分析更适合单基因疾病或存在明显主基因效应的遗传疾病，而在分子症等多因素疾病中，每个基因的贡献可能是微小效应，因此连锁分析的作用是有限的，在多因素疾病的研究中逐渐被关联分析所取代。
